Se hai un buon rapporto con l'azienda presso la quale lavori, puoi a scendere a compromessi informali. E far passare il pagamento come un rimborso spese, previsto per i tirocini.
In caso contrario, continui a mantenere il posto dove lavoro e cerchi una nuova struttura presso la quale fare il post laurea.
Ma io ti consiglierei la prima soluzione. Parlane con il tutor e il responsabile, e trovate la giusta soluzione per far apparire il tutto come il più normale possibile. Sono in molti a farlo, se hanno questa possibilità.